2002 yılında, sebebi bilinmeyen bir salgın, her spermi, her fetüsü ve Y kromozomu taşıyan yetişkin her memeliyi yok eder, genç bir adam ve maymunu hariç.

Y: Son Erkek 9 Anavatan

Yeryüzünün iki ekeği Yorick Brown ve evcil maymunu Ampersand nihayet birbirlerine kavuştuktan sonra Paris'e doğru ağır ağır yol almaktadırlar. Amaçları ise Yorick'in kayıp nişanlısıyla uzun zamandır beklenen buluşmayı gerçekleştirmektir. En başından beri onlara koruma sağlayan Ajan 355 ile birlikte iki kafadar iki kıta daha aşmayı hazırlanırken diğer yoldaşları biyokimyager Dr. Allison Mann ve kız arkadaşı Rose başka bir arayışın sonuna gelmektedirler. Dört yıl önce dünya üzerinde Y kromozomu taşıyan her memelinin kökünü kurutan salgının sebebini bulmak..

Hong Kong'daki gizli bir laboratuvarda ise beklenmedik bir sonuca varırlar: Hem de sadece son erkeğin değil, cinsinin olası herhangi bir geleceğini de başlamadan sona erdirebilecek bir sonuçtur bu!