Puşkin'in ölümünden sonra Gogol'un popülaritesi daha da da artar. Bu ilgi Gogol'da bir öncülük hissi yaratır ve kendine toplumu değiştirmek, insanlara yol göstermek gibi misyonlar edinir. Bu dönemde eski yaratıcılığını kaybettiği söylenebilir. Dine karşı ilgisi artar ve daha önce eleştirdiği kiliseyi dahi övmeye başlar. Bu davranış hayranlarının tepkisini çeker ancak o bu tepkilere dinsel yorumlar katar ve Tanrı'nın gönlünü almak için ona daha da yakınlaşır. 1848'de kutsal toprakları ziyaret etmek için Filistin´e gider. Moskova'ya geri dönen Gogol, orada Matvey Konstantinovski adlı gerici bir rahibin etkisi ile 1852 yılında Ölü Canlar romanının ikinci bölümünün el yazmalarını yakarak imha eder. Bu davranışından 10 gün sonra 43 yaşında Moskova'da ölür.