İstiklal Mahkemeleri yakın tarihimizin en önemli kurumları arasında gösterilebilir. Bu mahkemeler hukukçu olmayan kişilere emanet edilmişti. Asker kökenli milletvekillerinin çoğunluğu oluşturduğu mahkemelerde Mustafa Kemal' in istekleri doğrultusunda karar vermek esastı. Duruşmalar açık yapılsa da, genellikle hükümler önceden veriliyordu. Mahkeme kararlarının halk arasında sanığın idamına, tanıkların bilahare dinlenmesine, biçimde alaya alınmasının sebebi de, önceden verilmiş hükmü meşrulaştırmak için sergilenen gerekçe bulma komedyasıydı. Cumhuriyet rejimine ve Mustafa Kemal'e muhalif olan herkes potansiyel suçluydu ve İstiklal Mahkemeleri'nde yargılanabilirdi. Mustafa Kemal, bu mahkemeler sayesinde, bütün rakip ve muhaliflerini kolayca tasfiye edebiliyordu; dahası henüz mahkemeye yolu düşmemiş olanların yüreklerine korku salma şansına da sahipti. Nitekim İzmir suikastında suikastında on yıl ağır hapis cezasına çarptırılan Halis Turgut ve Canpolat Bey, cezaya itirazlarını canlarıyla ödemişlerdi. Cezaları aynı celse içinde ve hiçbirek suçlama veya belgeye ihtiyaç duyulmadan anında idama çevrildi ve infaz edildiler.

İstiklal Mahkemeleri'nin en bilinen örneklerinden Şark İstiklal Mahkemesi ise doğuda çıkan Şeyh Sait Ayaklanması sırasında yakalanan isyancıları yargılamak üzere kuruldu. Ancak mahkeme başka bazı görevleri de üstlenmişti.Doğudaki feodalizmi tasfiye etmek, İslamcıları ve Kürtleri sindirmek, muhalif İstanbul basınını susturmak, Terakkiperver Cumhuriyet Fırkasının sonunu hazırlamak, bu ekstra görevlerden birkaçıydı. Elazığ'daki Şark İstiklal Mahkemesi'nde yargılanan Cumhuriyetçi Vatan gazetesinin sahibi Ahmet Emin Yalman bu mahkemeyi ... takım takım ölüm cezalarını veren ve hükümlerini hiçkimseye sormadan, kimseye hesap vermeden, kimseye hesap vermeden yürüten korkunç ihtilal mahkemesi... şeklinde tanımlıyor.

1923 yılından sonra inşa edilen ulus devletin Kürt halkıyla ilişkisinin kopmasına neden olan Şeyh Sait hadisesini tam manasıyla kavrayabilmek için, bugüne kadar inceleme şansına sahip olmadığımız İstiklal Mahkemesi kayıtlarının en önemli başvuru kaynakları oldukları biliniyor. Bu kayıtlar Şeyh Sait'in yazışmaları gibi, hareketin maksadı ve seyri hakkında zengin veriler sunan belgeler içeriyor. Mahmut Akyürekli'nin konu hakkındaki daha kapsamlı bir başka çalışması Gerekçe ve Hükümleriyle Şark İstiklal Mahkemesi 1925-1927 adıyla iki cilt halinde Tarih Kulübü Yayınları tarafından yayınlandı.