Halit Kakınç'ın "belgesel roman" olarak sınıflandırılabilecek, kanıtlanmış verilere dayalı çalışması okuyucuyu Doğu Roma'nın 18. yüzyıl önce kurulmuş başkentine davet ediyor. İstanbul'un altının birbirine bağlı tünellerle dolu olduğu efsanesinden yola çıkan mağara bilimci bir arkadaş grubu, şehrin diplerini örümcek ağı gibi sarmalayan bu dehlizleri araştırmaya karar verir. Rivayete göre, Yerebatan Sarayı'nın gizli bir geçidinden ulaşılan, ucu Üsküdar'dan Kınalı Ada'ya kadar uzanan bu tünellerde araştırma yapmak isteyen ekip, asırlardır sarnıcın içinde bulunan gizemli Medusa başlarının aracılığıyla kendilerini bir anda bambaşka ve gizemli bir dünyada bulacaktır.
Günümüzden tarihin son derece az bilinen bir dönemine geçiş, objektif bilgi aktarımı ve geleceğe yönelik tahayyüllerle Yerkubbe okuyucuyu gizemli ve öğretici bir yolculuğa çıkarıyor.