Kakuzava'nın insan türünü yok etme planı adayla birlikte yok olmuştur. Koota, yaralanmış bir halde Lucy'yi adadan kıyıya vurduğu yerde beklemektedir. Bu buluşma, gerçekleşecek son trajedinin başlangıcıdır... Heyecanı hiç azalmayan Elfen Lied serisi bu sayıyla birlikte sona eriyor.

Kakuzava, Lucy'ye boynuzlu türün geçmişini ve insanlar tarafından nasıl ayrımcılığa uğradıklarını anlatır. Ardından Lucy'yi kendi saflarına katmak için şok edici bir gerçeği açıklar. Bu sırada, insanlığın hayatta kalabilmesinin anahtarını elinde tutan Arakava, çöküşün eşiğindeki bir laboratuvardan kaçmaya çalışır. Ancak orada onu öldürmeye niyetli bir diclonius sürüsü dolaşmaktadır!

Bandoo ve Lucy arasındaki savaş, Mayu'yu korumaya çalışan Bandoo'nun ölümüyle sona erer. Koota, ortadan kaybolan Lucy'nin nerede olduğunu öğrenmek için Arakava'nın laboratuvarına gider ancak daha sonra Koota'nın peşine düşen Arakava, Kaede Konağı'nın yerini öğrenir. Bu sırada Müdür Kakuzava'nın suikastçısı Noosoo, diclonius omuriliğinden dört Mariko kopyası yaratmıştır. İtaatkâr ve emir verildiğinde kendi hayatlarından bile vazgeçmeye hazır bu kopyalarla birlikte Noosoo, Lucy'yi yakalamak için yola çıkar!

Bilim insanı Noosoo ve liderliğindeki birkaç diclonius, Lucy'yi yakalamak için Kaede Konağı'na saldırır. Ancak herkesi korumak için direnen Koota ölümcül bir şekilde yaralanınca Lucy kontrolden çıkar ve Noosoo'nun beklentilerinin çok ötesinde bir saldırı gücüyle onları alt eder. Ölümün eşiğinden dönen Koota, kaybolan anılarını geri kazanır ve kız kardeşi Kanae'nin küçükken Lucy tarafından öldürüldüğünü hatırlar.

İnsanlığa hükmetmeyi planlayan Kakuzava, kızı Anna'yı ameliyatla büyütür ve özel güçlerini geleceği tahmin etmek için kullanır. Kakuzawa, Lucy'yi bulması için gizemli bir adam gönderir. Bu gizemli adam, özel bir radarla Kaede Konağı'nda dicloniusların yaşadığını öğrenir ve Mayu ile Nana'nın kaldığı konağa girer...

Geçmişini hatırlayan Nyuu, Koota’nın yanından ayrılmaya çalışır ancak Koota’nın merhametinden etkilenir ve tekrar Kaede Konağı’nda yaşamaya başlar. Öte yandan Kurama, Kakuzava’nın yok edilmesini emrettiği Nana’yı araştırma tesisinden kaçırır. Nana, Bandoo’yla karşılaştığında ortak düşmanları Nyuu’yu bulmak için beraber güçlerini birleştirirler. Nana, Kaede Konağı’nda yaşayan Mayu’yla karşılaştığında Kaede Konağı’na davet edilir ve burada Nyuu’nun varlığını hisseder.

Koota, Nana’ya mağlup olduktan sonra bilincini kaybeden Nyuu’nun bakımını üstlenir. Nyuu, Koota’yla beraber geçirdiği mutlu çocukluk anılarını hatırlar ve ona aşkını itiraf eder. Bu sırada araştırma enstitüsü, bir diclonius olan 35 numarayı Lucy’yi bulması için serbest bırakır. Kaede Konağı’nda yaşayan Nana, sahilde Bandoo’yla buluşur ancak elde ettiği mutluluğu yıkmamak için Lucy’nin nerede olduğunu saklar. Güçlü bir diclonius olan 35 numara, yani Mariko ortaya çıkınca Nana ölümün eşiğine gelir!

Kurama, diclonius olduğunu bilmesine rağmen gerçek kızı Mariko’yu öldürmekte tereddüt eder ve bu sayede Mariko, Müdür Kakuzava tarafından Nyuu’yu ortadan kaldırmak için gönderilir. Nana ve Bando’nun da dahil olduğu zorlu bir savaşın ardından Kurama, çocuğu Mariko’yu kucaklar ve Mariko babasına karşı duyduğu sevgiyi yeniden yeşertir. Fakat bu sırada bulundukları bölgeye bir füze fırlatılır ve beklenmedik bir son meydana gelir.

Kakuzava’nın ölü bedenini bulan Koota, Kakuzava’nın kafasında Nyuu’yla aynı boynuzlardan olduğunu fark eder. Bu sırada Nyuu, olay yerini çoktan terk etmiştir. Kayıplara karışan Nyuu’yu aramaya çıkan Koota ve Yuka ikilisi, yağmur bastırınca bir yere sığınır. Son teknoloji protez bir ele sahip olan Bandoo, kastrasyon operasyonundan kaçarak tek başına Nyuu’nun peşine düşer. Kakuzava’yı öldürdükten sonra araştırma laboratuvarından kaçan Nyuu, aldığı anestezinin yan etkisiyle geçmişini hatırlamaya başlar fakat o

Kurama, Nyuu’ya yenilerek virüse yakalanan Bondoo’ya kastrasyon operasyonu geçirmesi gerektiği emrini verir. Bu sırada diclonius başaraştırmacısı Profesör Kakuzava, Bandoo’yla gizli kapaklı bir anlaşma yapar ve bu sayede Bandoo operasyondan kaçar. Koota ve Yuka, Profesör Kakuzava’nın dersine Nyuu’yla birlikte girer fakat Kakuzava, Nyuu’nun gerçek kimliğinin farkına vararak Nyuu’yu Koota ve Yuka’nın elinden alır. Anesteziyle Nyuu’yu uyutan Profesör Kakuzava, Nyuu’dan çocuk yapma peşindedir. Fakat bu sırada h

Koota ve Yuka, Nyuu’yu evlerinde barındırmaya başlar fakat ikilinin arasında küçük bir yanlış anlaşılma meydana gelir. Hafızasını kaybeden Koota’nın bütün anılarını unutma sebebi geçmişte yaşanan trajik bir olaydır ama Koota, bu olayın ne olduğunu bile bir türlü hatırlayamaz. Diğer bir yandan Kurama, Nyuu’yla savaşan Bandoo’ya kastrasyon operasyonu geçireceğini söyler. Kurama, Nyuu’yu yakalayıp geri getirmesi için bir diclonius olan Nana’yı göreve yollar fakat işler sandığı gibi gitmeyecektir.

Bir kaza eseri araştırma enstitüsünden kaçan Nyuu adlı mutant bir kız, sürüklendiği sahilde Yuka ve Koota’yla karşılaşır ve onlarla yaşamaya başlar. Bu sırada, araştırma materyalini kaybeden Kurama, Özel Harekat SAT’tan Nyuu’yu bulup getirmelerini ister fakat Nyuu’yu bulduklarında korkunç bir durumla karşı karşıya kalırlar…